Генотип  —  это  не  просто  совокупность  генов,  это  —  система взаимодействующих  генов.  И  далеко  не  всегда  мы  имеем  дело  с относительно  независимым  наследованием  признаков. Развитие того или  иного признака,  как правило, находится под контролем  нескольких  генов.  

Следствием  взаимодействия  генов является возникновение в потомстве новых признаков, отсутствовавших у исходных родительских форм. Такое явление носит название  новообразования  при  скрещивании.  

Так,  окраска  цветков  у  душистого  горошка  определяется  совокупным  действием,  как  минимум, двух неаллельных генов.  В некоторых случаях при скрещивании  между  собой  сортов  с  белыми  цветками  могут быть  получены растения с фиолетовыми.  Биохимическим анализом было установлено,  что  фиолетовая  окраска  образуется  в  результате  химической  реакции  двух  веществ,  образование  которых,  в  свою  очередь,  контролируется  действием  определенных  генов.

Установлено,  что  наследование  окраски  шерсти  у  кроликов(отряд  Зайцеобразные)  и  грызунов  также  определяется  взаимодействием  многих  генов.  Скрещивание  серого  и  белого  кроликов дает  в  потомстве  только  серых  особей  (единообразие  гибридов первого поколения). Серая окраска доминирует над белой.  При дигибридном  скрещивании  в  потомстве  гибридов  происходит  расщепление, причем нередко в следующем соотношении: 9 серых : 3 черных  :  4  белых  кролика.  Полученное  соотношение  по  окраске меха  кроликов  несколько  неожиданно,  поскольку среди  исходныхродительских  форм  не  было  особей  с  черной  окраской  шерсти.

Появление  во втором  поколении  (F2)  черных  кроликов —  это  новообразование  при  скрещивании.  Генетический  анализ  показал,что  окраска  шерсти  кроликов  находится  под  контролем  двух  параллельных генов. Одна пара аллелей (С-с) — основной ген окраски.

В  доминантном  состоянии  (С)  этот  ген  определяет  интенсивное развитие  пигмента  и  обусловливает  темную  окраску  (черную,  серую)  меха.  Рецессивный  аллель  (с),  при  котором  пигмент  отсутствует,  приводит  к белой  окраске  меха.  Вторая  пара  аллелей  (А-а) контролирует  распределение  пигмента,  который  есть  только  при гене  С. Аллель А вызывает неравномерное распределение пигмента по длине волос:  пигмент скапливается у основания  волос  и отсутствует в их кончиках.  В  целом такое действие  гена вызывает серую окраску меха у кролика. Рецессивный ген (а) данной пары не контролирует распределение  пигмента  и  поэтому  не  влияет на окраску меха у кролика. Таким образом,  генотип белых кроликов может быть  записан  как  ссАА,  ссАа  и  ссаа,  генотип  серых  кроликов  —ССАА, ССАа, СсАА, СсАа, генотип черных кроликов — ССаа, Ссаа. Явление взаимодействия неаллельных генов широко распространено  в  природе.

Из  приведенных  выше  примеров  становится  очевидным,  что проявление  большого  числа  наследуемых  признаков  обусловлено одновременным действием многих генов.  Наряду с этим имеет место и другое явление,  при  котором  один  и тот же  ген  контролирует проявление не одного,  а  целого ряда  признаков организма.  Например,  рыжая  окраска  волос,  светлая  окраска  кожи  и  образование  веснушек  у  человека  контролируются  одним  и  тем  же  геном.

За отсутствие пигмента в глазах,  за снижение  плодовитости  и  продолжительности жизни у дрозофилы  отвечает также  один  и  тот  жеген.  Множество аналогичных примеров существует и в мире растений.  Так,  у  растений  с  белыми  цветками  стебли  обычно  зеленогоцвета,  а  у  растений  с  красными  цветками  в  стеблях  наблюдается проявление  красного  пигмента.

Все  сказанное  говорит  о  множественном  действии  генов.  

На фенотипическое  проявление  признака  оказывает  действие  целый комплекс генов,  слагающий  генотип  организма.  Генотип рассматривается  как  целостная  система  —  система  взаимодействующих генов. Проявление различных признаков организма — результат не только взаимодействия генов, но и множественного действия каждого гена в отдельности, т.е.  каждый  ген  контролирует развитие неодного,  а  многих  признаков  организма.